机关下设5个内设机构、1个派驻检察室，分别是办公室（加挂司法警察大队牌子）、政治部、第一检察部、第二检察部、第三检察部和派驻石城检察室。

其中，办公室（加挂司法警察大队牌子）负责机关文电、财会、会务、机要、档案、保密等综合行政服务保障工作，以及协助司法办案，提供警务保障。

政治部负责机关思想政治、干部队伍建设和组织建设等组织人事工作；负责检察文化建设工作；负责典型选树、表彰奖励工作；负责组织指导全市检察机关教育培训工作；负责机关劳资工作；负责机关党群工作；负责机关离退休干部工作。

第一检察部负责对刑事案件的审查、逮捕、起诉和未成年人检察工作。

第二检察部负责办理本院管辖的民事、行政和公益诉讼案件。

第三检察部主要承担刑事执行检察、控告申诉检察、案件管理、法律政策研究和检察委员会办公室工作。